黑烟车抓拍违规车辆报警后，交通管理部门会按照一系列既定程序进行处理。以下是具体的处理步骤：

一、取证与审核

1. 取证：

• 生态环境部门对黑烟车抓拍装置所采集的黑烟违法行为进行取证，包括图片和视频。
• 通过人工复核，形成违法排放证据。

2. 证据审核：

• 生态环境部门需建立证据审核责任制，对抓拍到的黑烟车违法行为进行人工复核。
• 抓拍系统参照相关标准（如《在用柴油车排气污染物测量方法及技术要求（遥感检测法）》）对车辆排气污染物颜色进行判断。
• 审核无误后，将违法车辆信息及取证信息等相关证据移交至公安交通管理部门。

二、证据移交与处罚

1. 证据移交：

• 生态环境部门在证据产生后规定的时间内（如2个工作日内）进行人工审核，并推送至相关系统平台。
• 系统平台统一通过安全边界的方式将违法排放证据传输至公安交通管理部门。

2. 处罚：

• 公安交通管理部门对移交的违法排放证据进行审核确认，并录入道路交通违法信息管理系统。
• 向社会提供违法查询渠道，并通知机动车所有人或管理人。
• 根据相关法规（如《中华人民共和国大气污染防治法》和《中华人民共和国道路交通安全法》），对违规车辆进行处罚，包括罚款、扣分等。

三、后续处理与监管

1. 车辆维修与复检：

• 车主在收到处罚通知后，应及时对车辆进行维修，确保排放达标。
• 维修后，车主需进行排放复检，以确认车辆是否符合排放标准。

2. 加强监管与执法：

• 交通管理部门和生态环境部门将加强合作，共同监管黑烟车排放情况。
• 通过黑烟车电子抓拍系统，实现对黑烟车的持续监控和执法。

3. 信息公开与宣传：

• 相关部门将向社会公告黑烟车电子抓拍处罚设备分布情况。
• 采取多种形式，解读黑烟车电子抓拍违法排放行为及处罚措施，提高公众对环境保护的认识和参与度。

综上所述，黑烟车抓拍违规车辆报警后，交通管理部门会严格按照既定程序进行处理，包括取证与审核、证据移交与处罚、以及后续处理与监管等环节。这些措施旨在有效遏制黑烟车排放污染，改善城市空气质量。